¿Quieres que la configuración de Spring Boot esté fuera del compilado? Te cuento el procedimiento que seguí y que puede ayudarte.

Cómo usar una configuración externa en Spring Boot

• Por default, application.properties se busca en estas ubicaciones:
  • file:./config/
  • file:./
  • classpath:/config/
  • classpath:/
• Es decir, se puede tener src\main\resources\application.properties que será incluido en el war, y config\application.properties en la carpeta donde se ejecute el war.
• Referencia: 24. Externalized Configuration

Usando un nombre diferente

• También es posible indicar un directorio de configuración con nombre distinto.

mvn clean install

java -Dspring.config.location=conf/application.properties -jar target/hello-0.0.1.war

• Alternativamente, se puede agregar la siguiente opción en application.properties:

spring.config.additional-location=file:${user.dir}/conf/

• De ese modo, ya no es necesario indicar ese parámetro en el comando:

mvn clean install

java -jar target/hello-0.0.1.war